“追踪病毒演化，他们用科学说话 记北京大学生命科学学院抗疫科研攻关团队”

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科学技术日报记者张盖伦

“你们放下手头所有的员工，全力做这件事。 ’1月31日、年初7日，陆剑将自己的两名博士生拉入了一个小团体。

他交给学生根据数据库中的公开基因组序列研究新型冠状病毒的任务。

那时，陆剑也没有料到新冠引起的肺炎疫情会持续这么久，会影响这么多人。 他的想法很简单。 给暂时回不了学校的学生找点东西，让他们学点新东西。

陆剑是北京大学生命科学学院及蛋白质和植物基因研究国家要点实验室的研究员，首要研究行业是进化生物学。 根据疫情防控要求，学生至今仍无法返校。 5月底，陆剑带着科技日报记者走在空闲逛的实验室里，“还没有习性”地笑了。

“这个地方很少见”

1月底，新型冠状病毒的研究如雨后春笋。 1月30日，《自然》副本显示，已经发表了54篇新型冠状病毒相关英语论文。

陆剑记得，2003年他在美国芝加哥大学攻读博士学位时，导师吴仲义与赵国屏和国内其他专家合作，完成了sars的基因组进化研究。 当时，陆剑虽然没有直接参与这项事业，但也受到了进化生物学和基因组结合所表现出的强大力量的震撼。 面对这次新型冠状病毒引发的肺炎疫情，陆剑认为自己可能会做基因组进化的工作，“这是我们古老的本职工作”。

陆剑也将其视为实战教育，学生不会回来，但必须继续学习。

病毒基因组的进化情况逐渐显现出来。 这是一种单链rna病毒，基因组约为3万个核苷酸，编码12个基因，编码区域约占基因组的98%。

研究开始不久，他们就扯上了第一个不寻常的地方。

那时，可分解的数据不多。 在补充更新数据的同时，只能分析103个病毒的基因组数据。

但是，根据这103序列，在参考基因组的第8782位和第28144位，课题组看到了“包装出现”的变异。 这似乎是两个高度连锁的变异部位。

基因突变通常是单一随机出现的，但这里的突变不同。 “有你一定有我”。 “我不知道这个发现有多大意义，我只是觉得它不寻常。”

陆剑用投屏的方法向记者展示了他的发现。 “看，新型冠状病毒基因组中存在两个非常明显的光谱联系。 ”。

课题组称两个谱系为“l”和“s”，对应基因组28144位变异的氨基酸分别为亮氨酸( l )和丝氨酸( s )。 103个样品中，72个为l光谱系统，29个为s光谱系统。

谱系之间如此清晰，意味着这种分化在病毒进化的初期就已经发生了。 那么，哪个光谱联系更古老呢？

在这里，陆剑课题组也引入了进化分解常用的手段——外群分解。 以他们更古老的病毒为参考系，结果表明，在样本中占更大比例的l谱系其实是“后居”，实际上比s谱系更年轻。

学生:我几个月只离开过一次家

“瘟疫就在那里。 ’这是课题组博士生吴长城在交流中经常说的话。 疫情是“命令”，是责任，也是压力。

对学生来说，这次与新型冠状病毒的交锋，确实是一个具有挑战性的学习过程。 他们必须迅速掌握以前不知道的软件和分解工具，来到这个热门而陌生的行业。 摸索了一会儿之后，找到了自己的位置，扎营，深入挖掘。

“有信息就回去，有工作就做。 ’吴长城这样形容他们的就业状态。 有一次，大家协力在微信群里改论文，一下子从第一天傍晚6点改成了第二天早上5点。

他们都认为时间紧迫。

读博士三年级课题组的唐鹿，从寒假到现在，都离开过家。

父母和孩子需要的信息表达是吃饭的时候。 小组成员经常开语音讨论会，唐鹿说，手机头大叔大妈“吃饭了！ ”可以听到他在催促。 她的战友们暂停了一下，说:“请稍等！ 等一下！ ”

“唐鹿、吴长城、姚欣敏、吴鑫凯……这些学生责任感很强，确实在“玩”方面做研究。 ”。 陆剑称赞了他们一次。

其实，在学生们看来，这是陆老师也不能休息的“冷酷角色”。 “他总是在晚上一两点在群里发信息，但是早上又看到老师出现了。 ”。 唐鹿说。

继续用科学说话

《国家科学评论》( national science review ) 3日在线发表了由陆剑和中国科学院上海巴斯德研究所崔杰课题组合撰写的论文《sars-cov-2的起源和持续演化》。 其中最引人注目的是新型冠状病毒的光谱划分。

对陆剑来说，后来发生的事件是他被认为“最难”的部分。 关注的人太多，误读太多，争论也在继续。

结论:论文经过扩展解读，出现在微博热搜上。 陆剑的邮箱收到了来自世界各地普通人的咨询邮件。 他们问陆剑，病毒变异了吗？ 不会影响疫苗的效力吗？

事实上，rna病毒变异是正常的，但这些变异如何影响病毒的功能，还需要进一步研究。

“没想到会有这么多人关注！ ”陆剑感叹道:“这既是压力，也是鞭子。”

论文上线后，国外研究者在网站上质疑病毒的分类可靠性。 陆剑向质疑者详细说明了研究的做法和结论。

陆剑课题组的论文发表约1个月后，海外也有小组报告了病毒的分类。 事实上，其拷贝是病毒分型与陆剑课题组的基本一致。